«Петрокуб» приступил к подготовке к новому сезону. Команда начала тренировки под руководством нового главного тренера – Шоты Махарадзе, который долго время в структуре тираспольского «Шерифа». Клуб покинули игроки Марин Кэрунту, Дмитрий Бивол Вячеслав Посмак и Кэтэлин Карп, а также входивший в тренерский штаб Андрей Виколаш.
Сезон 2024/25 оказался крайне нестабильным для «Петрокуба». Команда не смогла защитить чемпионский титул, а в Кубке Молдовы выбыла в четвертьфинале. В течение сезона клуб сменил пять наставников: ею поочерёдно руководили Андрей Мартин, Джованни Костантино, Эдуард Блэнуцэ, Славче Войнески и Андрей Препелицэ.